1971年10月，屠呦呦领导的小组终于从青蒿中提取出一种中性且无毒的物质，该物质对两种疟疾寄生虫感染的小鼠和猴子展现出了100%的疗效。 1972年，研究小组确定了这种活性成分的化学结构，它是一种分子量为282道尔顿的无色晶体，分子式为C15H22O5，具有两个熔点范围在56–157°C之间。
屠呦呦发现青蒿素的艰辛历程：研究了超过2000种的中药，发现了其中的640种可能有抗疟效果。用小鼠模型评估了从大约200种中药里获得的380种提取物。然而过程并没有那么顺利，想要有重大发现谈何容易。终于在1971年10月获得了中性无毒的提取物。
屠呦呦发现青蒿素的历程是：1971年5月21日～6月1日全国疟疾防治研究工作座谈会在广州召开，会后，北京中药所重新组织了研究小组，屠呦呦仍任组长，与组员钟裕蓉继续提取中药，郎林福和刘菊福做动物试验。
屠呦呦等自1972年分离得到青蒿素单体后即着手进行青蒿素的化学结构研究，先后与中国科学院有机所和生物物理所协作，最终用X—衍射方法确定了青蒿素的立体结构。青蒿素是一个具过氧基团的新型倍半萜内酯，也是一个与过去抗疟药结构完全不同的新抗疟药，打破了过去认为“抗疟药必须含氮杂环”的断言。
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